Ilmu Pengetahuan Alam merupakan salah satu jurusan di SMA Muhammadiyah 1 Simo Boyolali, dalam peminatan ini  selain belajar mata pelajaran umum siswa juga belajar ilmu-ilmu alam yang diantaranya Biologi, Fisika, Kimia, dan Matematika. SMA Muhammadiyah 1 Simo Boyolali memiliki Lab Fisika, Lab Biologi, dan Lab Kimia sehingga memberikan kemudahan kepada siswa dalam melakukan kegiatan praktikum.